Voici comment débute l'histoire de cette Saison 3 ...
Il y a un peu plus de deux semaines maintenant de cela. La Cité du Crépuscule ... un monde qui fut perturbé un bon moment, retrouva son calme ... mais c'est ici que tout avait commencer. Ici que nombre de mystères règne, et que des combats monstrueux faisaient rage devant le Vieux Manoir Abandonné ... L'on dit, qu'autrefois, un Maire y vivait ... c'est ce qu'une fille raconte beaucoup, ... très triste ..., mais aussi, l'étrange retour d'Ansem le Sage risquerait d'attiré bon nombre d'anciens héros venant d'autres Mondes.
La Cité, était donc un énorme et réel mystère. En plus de cela. On aurait entendu l'arrivé soudaine de trois Maitres puissant de la Keyblade. Ils auraient un lien avec ce qui c'est dernièrement passé dans la Cité du Crépuscule. Mais bizarrement, très peu de gens en parlent, ou en discutent. Seulement, ses trois Maitres se révèleraient être des gens importants, devant débutez une mission toute aussi importante à leur tour.
Alors qu’un jour à peine était écouler après la mort de Twilight, pour ceux qui avait encore conscience du temps qui passait, Ansem le Sage appela ses trois Maitres de la Keyblade. Ceux-ci venaient tout juste de se retrouvé, alors qu'un d'entre eux, le plus âgé, Terra, venait de se réveillez d'un sommeil long et presque profond. Ces deux autres amis qui le cherchaient l'avaient finalement retrouvé. Celle qui était entre les deux niveaux âges, s'appelait Aqua, et le plus jeune d'entre eux, Ventus. Ce dernier était le sosie parfait de Roxas. Un fait qui vas certainement rendre certain sceptique quant à son origine.
Ansem le Sage les réunit donc tout les trois, après avoir pris soin d'envoyer une Lettre au Roi Mickey. Ansem annonça aux trois Maitres qu'ils devront voyager à travers différent mondes, pour trouvé le moyen de retourné chez eux. Autrement dis, à travers le temps. Cependant, Ansem, tout comme Terra, Aqua et Ventus, ne savaient pas comment, ni où cela pouvait se passer ! Ils devront certainement de nouveau se séparer pour élargir leurs horizons à la recherche d'un moyen de retour vers leur temps ...
Alors que nos trois héros venaient donc de recevoir une nouvelle mission avant de partir, ils se permirent de faire une brève halte dans la Cité du Crépuscule. Pendant qu'Ansem, lui se chargeait d'effectué autre chose. Celle de renvoyer une jeune fille dans son monde du nom de Kairi. Elle était inconsciente pour le moment, et Naminé à fait en sorte, qu'elle oublie ce qui lui était arrivé dans la Cité depuis qu'elle a quitté son île. Sora et Riku n'y verront que du feu lorsqu'il la retrouverons dans leur monde. A l'aide d'un Fragment d'Etoile, il envoya donc Kairi de nouveau chez elle. Après quoi, Ansem se chargea d'envoyer Naminé et Roxas de nouveau dans leurs corps respectifs.
Mais, il n'y a pas que ce monde là qui semble perturbé ... Le Roi Mickey reçoit une lettre étrange venant de la Cité du Crépuscule. Intrigué par le contenu de cette lettre que voici ;
[Vous devez être inscrit et connecté pour voir cette image]Mickey avertit directement Sora, Riku et Kairi qui sont eux même anxieux de cette nouvelle étrange ! Ils apprendront l'annonce du retour des XIII Membres de l'Organisation qui ravivra nos héros à partir de nouveau à l'aventure ! ...
C'est ainsi que commence ces nouvelles aventures pour nos anciens Héros de la Keyblade ! Et peut être qui sait ? De nouvelles têtes héroïques qui ressortiront de d'autres Mondes ...
Comment le Roi Mickey réagira-t-il lorsqu'il verra de qui provient cette lettre étrange ? Annonçant le retour des XIII, mais aussi cette histoire étrange de réparé le "Temps" avec les trois Maitres de la Keyblade Terra, Aqua et Ventus ... Tout reposé donc sur cet " homme mystérieux " (dont seul Terra avait vu ...) qui avait établit de nouveau la connexion entre les Mondes et le Temps.
Mais ... non loin de là, dans un autre monde encore, connus sous le nom du Jardin Radieux, les Ténèbres renaissent encore et toujours. Et une force maléfique émane de là-bas ! Une nouvelle menace, sachant évidement que Maléfique n'était toujours pas morte. Sora et compagnie peuvent s'attendre à tout. Mais c'est le cas aussi de nombreux autres voyageurs entre les mondes, qui eux même découvriront les mystères qui se cache.
Mais l'Organisation, elle aussi, n'a pas dit son dernier mot, après l'attaque de la Cité et une réussite parfaite. Xemnas s'empressa de réunir tout les XIII membres au complet. Ainsi, Vexen exposa l'alerte de niveau 1. Celle qui disait que deux des Clones crées par Vexen, autrement dis ceux d'Aqua et Ventus avaient été détruit mais aussi, l'étrange calme était revenu alors que ses monstres nommés Purple par l'Organisation faisait rage il y a deux semaines maintenant.
Depuis Xemnas, a charger, a tout ses confrères différentes missions capitales autant les unes que les autres. Celle d'abord de faire des recherches dans différent monde. Etc ... Cependant, le Leader de l’Organisation n'avait pas avec exactitude attribuer les missions. Après quelques jours de repos pour nos XIII Membres, l'heure était revenus aux Missions d'antan... Et bientôt, leur vengeance aura sonnée !
Ainsi donc, commence la Saison 3 ! De nouveaux Mystères, de nouveaux ennemis, mais aussi de nouveaux mondes viennent mettre à l'épreuve de nombreux Maitres de la Keyblade mais aussi de nombreuses personnages au sein de ces mondes tout aussi différent les uns que les autres... Que se passera-t-il ?